博士研究生培养项目是我国最高级学历教育项目，致力于培养掌握马克思主义基本理论和专业知识，具有良好的道德品质、严谨的科学态度和敬业精神，掌握本专业领域全面而坚实的基础理论和系统深入的专门知识，具有独立从事创新性科学研究工作能力的高级研究人才。

商学院设有应用经济学、工商管理和管理科学与工程三个一级学科，下设产业经济学、商业经济学、会计学、财务学、企业管理、市场营销管理、技术经济及管理、管理科学与工程8个博士学位授予点。其中企业管理、产业经济学和会计学为三个国家重点学科。

根据《中国人民大学博士生招考制度“申请-审核-复试（综合考试）”制改革方案》，商学院自2014年起在博士招生环节推行“申请-审核”制，并于2018年率先试点直博模式培养。博士项目推行主副导师培养方式，选拔科研潜力优秀的青年师资作为博士生副导师，为博士研究生提供更全面的指导。

博士研究生培养项目高度重视学术规范和制度建设，培养学生良好的学术道德，建立了动态、优化、具有激励功能的科研奖励制度。在培养环节，加大研究方法课程比重，强化对学生研究方法的训练；实施主文献制度，引导学生回归学术本源，专注于科学研究；聘任十余位海外教授为特聘客座教授或访问教授，参与研究生核心课程建设和联合培养工作；强化“学术讲座”环节，促进学生对学科理论前沿和动态的把握。项目还积极推进研究生公派留学项目，公派留学数量在全国高校商学院中名列前茅。